corr_matrix
Jordan Lee
12/1/2020
run step1_clean.ipynb first
Correlation Matrix
suppressPackageStartupMessages(library(data.table))
suppressPackageStartupMessages(library(dplyr))
suppressPackageStartupMessages(library(knitr))
suppressPackageStartupMessages(library(ComplexHeatmap))
#####
file = '../../data/heatmap/BRCA_vals_gexp.tsv'
cancer = 'BRCA'
datatype <- 'N:GEXP'
#####
# TODO rownames(df) line assumes the first col is the sample col
# Reformat
df <- fread(file) %>% as.data.frame()
rownames(df) <- df[,1]
df <- df %>% select(-all_of(cancer) ) # rm old col
# opt. change ft names to int (for cleaner plots)
ordered_fts <- colnames(df) # save for matching col int to ft
colnames(df) <- seq(length(colnames(df)))
# Correlation -
# Corelation matrix (coeff)
coeff <- cor(df, method = 'spearman')
Heatmap(
coeff,
name = paste(cancer, datatype, sep='\n'),
cluster_rows = FALSE, cluster_columns = FALSE,
show_column_dend = FALSE, show_row_dend = FALSE,
)
# Absolute corr
coeff <- abs(coeff)
Heatmap(
coeff,
name = paste(cancer, datatype, sep='\n'),
cluster_rows = FALSE, cluster_columns = FALSE,
show_column_dend = FALSE, show_row_dend = FALSE,
)
# cluster
d <- dist(coeff, method = 'euclidean', diag = TRUE)
# print(clust) # diagonal distance matrix
d_hclust <- hclust(d)
plot(d_hclust, xlab = "Feature", ylab = "")
print(d_hclust)##
## Call:
## hclust(d = d)
##
## Cluster method : complete
## Distance : euclidean
## Number of objects: 1682# Create ft int to feature name table for interpreting cluster dendrogram
tab_clust <- cbind(seq(length(ordered_fts)), ordered_fts) %>% as.data.frame()
colnames(tab_clust) <- c('index', 'ft')
tab_clust## index ft
## 1 1 N:GEXP::ITGA3:3675:
## 2 2 N:GEXP::KRT7:3855:
## 3 3 N:GEXP::SPARC:6678:
## 4 4 N:GEXP::TPD52L1:7164:
## 5 5 N:GEXP::CENPA:1058:
## 6 6 N:GEXP::AKR1C3:8644:
## 7 7 N:GEXP::IGF2:3481:
## 8 8 N:GEXP::AKR1C1:1645:
## 9 9 N:GEXP::TUBB6:84617:
## 10 10 N:GEXP::TPX2:22974:
## 11 11 N:GEXP::MT2A:4502:
## 12 12 N:GEXP::KRT8:3856:
## 13 13 N:GEXP::SLPI:6590:
## 14 14 N:GEXP::C3:718:
## 15 15 N:GEXP::DSP:1832:
## 16 16 N:GEXP::TNFSF13B:10673:
## 17 17 N:GEXP::MGST1:4257:
## 18 18 N:GEXP::MYBL2:4605:
## 19 19 N:GEXP::KRT5:3852:
## 20 20 N:GEXP::CLCA2:9635:
## 21 21 N:GEXP::TIMP1:7076:
## 22 22 N:GEXP::FOXA1:3169:
## 23 23 N:GEXP::TFF3:7033:
## 24 24 N:GEXP::CLU:1191:
## 25 25 N:GEXP::TGFBI:7045:
## 26 26 N:GEXP::ATP1B1:481:
## 27 27 N:GEXP::ABAT:18:
## 28 28 N:GEXP::TOX3:27324:
## 29 29 N:GEXP::EPCAM:4072:
## 30 30 N:GEXP::ETNK2:55224:
## 31 31 N:GEXP::ABCC3:8714:
## 32 32 N:GEXP::AKR1C2:1646:
## 33 33 N:GEXP::C1orf116:79098:
## 34 34 N:GEXP::SCARB1:949:
## 35 35 N:GEXP::C4A:720:
## 36 36 N:GEXP::TXNRD1:7296:
## 37 37 N:GEXP::MDM2:4193:
## 38 38 N:GEXP::ACSF2:80221:
## 39 39 N:GEXP::RARRES2:5919:
## 40 40 N:GEXP::VIM:7431:
## 41 41 N:GEXP::MGP:4256:
## 42 42 N:GEXP::UGT1A6:54578:
## 43 43 N:GEXP::RERG:85004:
## 44 44 N:GEXP::PPARGC1A:10891:
## 45 45 N:GEXP::GSTA1:2938:
## 46 46 N:GEXP::PPL:5493:
## 47 47 N:GEXP::CLDN1:9076:
## 48 48 N:GEXP::CD74:972:
## 49 49 N:GEXP::ARL6IP5:10550:
## 50 50 N:GEXP::AURKA:6790:
## 51 51 N:GEXP::BIRC5:332:
## 52 52 N:GEXP::KRT17:3872:
## 53 53 N:GEXP::EEF2:1938:
## 54 54 N:GEXP::GAPDH:2597:
## 55 55 N:GEXP::LGALS3BP:3959:
## 56 56 N:GEXP::DHCR24:1718:
## 57 57 N:GEXP::IGF1R:3480:
## 58 58 N:GEXP::EFEMP1:2202:
## 59 59 N:GEXP::CDKN1A:1026:
## 60 60 N:GEXP::GNAS:2778:
## 61 61 N:GEXP::HSPB1:3315:
## 62 62 N:GEXP::SQSTM1:8878:
## 63 63 N:GEXP::HSP90AB1:3326:
## 64 64 N:GEXP::C17orf28:283987:
## 65 65 N:GEXP::SPARCL1:8404:
## 66 66 N:GEXP::HPGD:3248:
## 67 67 N:GEXP::MAOA:4128:
## 68 68 N:GEXP::TNFRSF12A:51330:
## 69 69 N:GEXP::B2M:567:
## 70 70 N:GEXP::CCND2:894:
## 71 71 N:GEXP::TROAP:10024:
## 72 72 N:GEXP::TUBA1B:10376:
## 73 73 N:GEXP::NTRK2:4915:
## 74 74 N:GEXP::DUSP4:1846:
## 75 75 N:GEXP::RNF128:79589:
## 76 76 N:GEXP::SEPP1:6414:
## 77 77 N:GEXP::GATA3:2625:
## 78 78 N:GEXP::BUB1:699:
## 79 79 N:GEXP::KRT14:3861:
## 80 80 N:GEXP::LAMB3:3914:
## 81 81 N:GEXP::CAV1:857:
## 82 82 N:GEXP::LDLR:3949:
## 83 83 N:GEXP::SDC1:6382:
## 84 84 N:GEXP::PKM2:5315:
## 85 85 N:GEXP::APOE:348:
## 86 86 N:GEXP::KIF2C:11004:
## 87 87 N:GEXP::PDZK1IP1:10158:
## 88 88 N:GEXP::FGFR2:2263:
## 89 89 N:GEXP::ACTB:60:
## 90 90 N:GEXP::EPHX1:2052:
## 91 91 N:GEXP::IFI30:10437:
## 92 92 N:GEXP::NCAPG:64151:
## 93 93 N:GEXP::CDC20:991:
## 94 94 N:GEXP::STARD10:10809:
## 95 95 N:GEXP::STMN1:3925:
## 96 96 N:GEXP::A2ML1:144568:
## 97 97 N:GEXP::IGF2BP2:10644:
## 98 98 N:GEXP::GSN:2934:
## 99 99 N:GEXP::CDKN2A:1029:
## 100 100 N:GEXP::SDC4:6385:
## 101 101 N:GEXP::MYL9:10398:
## 102 102 N:GEXP::TGM2:7052:
## 103 103 N:GEXP::LGALS1:3956:
## 104 104 N:GEXP::FABP3:2170:
## 105 105 N:GEXP::FOXC1:2296:
## 106 106 N:GEXP::LEPREL1:55214:
## 107 107 N:GEXP::KRT6B:3854:
## 108 108 N:GEXP::CXCL10:3627:
## 109 109 N:GEXP::CD59:966:
## 110 110 N:GEXP::SELPLG:6404:
## 111 111 N:GEXP::ANXA1:301:
## 112 112 N:GEXP::ALDH2:217:
## 113 113 N:GEXP::COL6A1:1291:
## 114 114 N:GEXP::LCN2:3934:
## 115 115 N:GEXP::C7:730:
## 116 116 N:GEXP::HLA-B:3106:
## 117 117 N:GEXP::TPT1:7178:
## 118 118 N:GEXP::CEP55:55165:
## 119 119 N:GEXP::AGR2:10551:
## 120 120 N:GEXP::UBE2C:11065:
## 121 121 N:GEXP::C9orf152:401546:
## 122 122 N:GEXP::KRT16:3868:
## 123 123 N:GEXP::CCNB1:891:
## 124 124 N:GEXP::SLC34A2:10568:
## 125 125 N:GEXP::SERPINA3:12:
## 126 126 N:GEXP::PERP:64065:
## 127 127 N:GEXP::VEGFA:7422:
## 128 128 N:GEXP::HLA-DRB1:3123:
## 129 129 N:GEXP::C5orf32:84418:
## 130 130 N:GEXP::RNF43:54894:
## 131 131 N:GEXP::LY6E:4061:
## 132 132 N:GEXP::GJA1:2697:
## 133 133 N:GEXP::TBX3:6926:
## 134 134 N:GEXP::FSTL1:11167:
## 135 135 N:GEXP::HLA-C:3107:
## 136 136 N:GEXP::HLA-A:3105:
## 137 137 N:GEXP::PSAP:5660:
## 138 138 N:GEXP::ALDOA:226:
## 139 139 N:GEXP::DLGAP5:9787:
## 140 140 N:GEXP::BCL2:596:
## 141 141 N:GEXP::TOP2A:7153:
## 142 142 N:GEXP::KLK10:5655:
## 143 143 N:GEXP::CREB3L1:90993:
## 144 144 N:GEXP::RHOBTB3:22836:
## 145 145 N:GEXP::SLC30A2:7780:
## 146 146 N:GEXP::RBP1:5947:
## 147 147 N:GEXP::PEBP1:5037:
## 148 148 N:GEXP::LY6D:8581:
## 149 149 N:GEXP::CD9:928:
## 150 150 N:GEXP::SDC3:9672:
## 151 151 N:GEXP::UBC:7316:
## 152 152 N:GEXP::BCAS1:8537:
## 153 153 N:GEXP::FSCN1:6624:
## 154 154 N:GEXP::SCNN1A:6337:
## 155 155 N:GEXP::IGFBP3:3486:
## 156 156 N:GEXP::BST2:684:
## 157 157 N:GEXP::FTH1:2495:
## 158 158 N:GEXP::SOD2:6648:
## 159 159 N:GEXP::ALDH1A1:216:
## 160 160 N:GEXP::ACTG1:71:
## 161 161 N:GEXP::ESR1:2099:
## 162 162 N:GEXP::RRM2:6241:
## 163 163 N:GEXP::PSAT1:29968:
## 164 164 N:GEXP::TNFSF12:8742:
## 165 165 N:GEXP::IGFBP2:3485:
## 166 166 N:GEXP::SLC6A8:6535:
## 167 167 N:GEXP::DDR1:780:
## 168 168 N:GEXP::ATP5A1:498:
## 169 169 N:GEXP::TFPI2:7980:
## 170 170 N:GEXP::TMSL3:7117:
## 171 171 N:GEXP::SMOC1:64093:
## 172 172 N:GEXP::CYP4F11:57834:
## 173 173 N:GEXP::FADS2:9415:
## 174 174 N:GEXP::KCNH2:3757:
## 175 175 N:GEXP::HSP90AA1:3320:
## 176 176 N:GEXP::GPI:2821:
## 177 177 N:GEXP::CENPF:1063:
## 178 178 N:GEXP::KRT18:3875:
## 179 179 N:GEXP::PRR15:222171:
## 180 180 N:GEXP::EGFR:1956:
## 181 181 N:GEXP::PARD6B:84612:
## 182 182 N:GEXP::TYMS:7298:
## 183 183 N:GEXP::TTC39A:22996:
## 184 184 N:GEXP::LTBP3:4054:
## 185 185 N:GEXP::REEP6:92840:
## 186 186 N:GEXP::SPRY2:10253:
## 187 187 N:GEXP::LDHB:3945:
## 188 188 N:GEXP::HSPD1:3329:
## 189 189 N:GEXP::GPD1L:23171:
## 190 190 N:GEXP::PDK4:5166:
## 191 191 N:GEXP::QPRT:23475:
## 192 192 N:GEXP::ANXA6:309:
## 193 193 N:GEXP::TSPAN12:23554:
## 194 194 N:GEXP::NUPR1:26471:
## 195 195 N:GEXP::AMIGO2:347902:
## 196 196 N:GEXP::OLFM1:10439:
## 197 197 N:GEXP::AOX1:316:
## 198 198 N:GEXP::SRRM2:23524:
## 199 199 N:GEXP::AP2M1:1173:
## 200 200 N:GEXP::MLPH:79083:
## 201 201 N:GEXP::CDC6:990:
## 202 202 N:GEXP::CDKN3:1033:
## 203 203 N:GEXP::CDCA2:157313:
## 204 204 N:GEXP::C10orf116:10974:
## 205 205 N:GEXP::TMBIM6:7009:
## 206 206 N:GEXP::E2F1:1869:
## 207 207 N:GEXP::PROS1:5627:
## 208 208 N:GEXP::ENO1:2023:
## 209 209 N:GEXP::STK32B:55351:
## 210 210 N:GEXP::TM7SF2:7108:
## 211 211 N:GEXP::SERPINA5:5104:
## 212 212 N:GEXP::RUNX1:861:
## 213 213 N:GEXP::KIT:3815:
## 214 214 N:GEXP::METTL7A:25840:
## 215 215 N:GEXP::TSPAN18:90139:
## 216 216 N:GEXP::DDIT4L:115265:
## 217 217 N:GEXP::CAMK2N1:55450:
## 218 218 N:GEXP::GPR98:84059:
## 219 219 N:GEXP::TCEA3:6920:
## 220 220 N:GEXP::MYH14:79784:
## 221 221 N:GEXP::CTSD:1509:
## 222 222 N:GEXP::TUBB4:10382:
## 223 223 N:GEXP::DLK1:8788:
## 224 224 N:GEXP::XIST:7503:
## 225 225 N:GEXP::ERBB2:2064:
## 226 226 N:GEXP::CCNA2:890:
## 227 227 N:GEXP::DNALI1:7802:
## 228 228 N:GEXP::GRB7:2886:
## 229 229 N:GEXP::SLC9A3R1:9368:
## 230 230 N:GEXP::COL4A6:1288:
## 231 231 N:GEXP::TUBA1C:84790:
## 232 232 N:GEXP::ABCA13:154664:
## 233 233 N:GEXP::RET:5979:
## 234 234 N:GEXP::LAMC2:3918:
## 235 235 N:GEXP::KLF5:688:
## 236 236 N:GEXP::MMP15:4324:
## 237 237 N:GEXP::HPGDS:27306:
## 238 238 N:GEXP::PRLR:5618:
## 239 239 N:GEXP::ITGA5:3678:
## 240 240 N:GEXP::SLC25A3:5250:
## 241 241 N:GEXP::GDF15:9518:
## 242 242 N:GEXP::CTNNA1:1495:
## 243 243 N:GEXP::ATP5B:506:
## 244 244 N:GEXP::ANXA5:308:
## 245 245 N:GEXP::MMP11:4320:
## 246 246 N:GEXP::SFRP2:6423:
## 247 247 N:GEXP::GHR:2690:
## 248 248 N:GEXP::CD63:967:
## 249 249 N:GEXP::TXNIP:10628:
## 250 250 N:GEXP::SPOCK1:6695:
## 251 251 N:GEXP::SERINC2:347735:
## 252 252 N:GEXP::APOC1:341:
## 253 253 N:GEXP::UBB:7314:
## 254 254 N:GEXP::GNB2L1:10399:
## 255 255 N:GEXP::SNCG:6623:
## 256 256 N:GEXP::RPS4X:6191:
## 257 257 N:GEXP::RHOB:388:
## 258 258 N:GEXP::SERPINB5:5268:
## 259 259 N:GEXP::TMEM45B:120224:
## 260 260 N:GEXP::TSPAN1:10103:
## 261 261 N:GEXP::MYH11:4629:
## 262 262 N:GEXP::PCNA:5111:
## 263 263 N:GEXP::RHOBTB2:23221:
## 264 264 N:GEXP::MYC:4609:
## 265 265 N:GEXP::ANXA8L2:244:
## 266 266 N:GEXP::ARRB1:408:
## 267 267 N:GEXP::CXCL17:284340:
## 268 268 N:GEXP::CCND1:595:
## 269 269 N:GEXP::C19orf21:126353:
## 270 270 N:GEXP::RANBP17:64901:
## 271 271 N:GEXP::MVP:9961:
## 272 272 N:GEXP::NPTX2:4885:
## 273 273 N:GEXP::HSPA9:3313:
## 274 274 N:GEXP::ITM2B:9445:
## 275 275 N:GEXP::EZR:7430:
## 276 276 N:GEXP::APP:351:
## 277 277 N:GEXP::RPS11:6205:
## 278 278 N:GEXP::NUF2:83540:
## 279 279 N:GEXP::CDK1:983:
## 280 280 N:GEXP::CCNB2:9133:
## 281 281 N:GEXP::ERGIC1:57222:
## 282 282 N:GEXP::CDCA5:113130:
## 283 283 N:GEXP::FEN1:2237:
## 284 284 N:GEXP::TP63:8626:
## 285 285 N:GEXP::CEACAM5:1048:
## 286 286 N:GEXP::UCP2:7351:
## 287 287 N:GEXP::AQP1:358:
## 288 288 N:GEXP::NEFL:4747:
## 289 289 N:GEXP::CSDC2:27254:
## 290 290 N:GEXP::CPB1:1360:
## 291 291 N:GEXP::CACNA1D:776:
## 292 292 N:GEXP::ABCA3:21:
## 293 293 N:GEXP::SORL1:6653:
## 294 294 N:GEXP::G0S2:50486:
## 295 295 N:GEXP::BAMBI:25805:
## 296 296 N:GEXP::PKDCC:91461:
## 297 297 N:GEXP::PRDX2:7001:
## 298 298 N:GEXP::ADH1B:125:
## 299 299 N:GEXP::TSPAN7:7102:
## 300 300 N:GEXP::CARHSP1:23589:
## 301 301 N:GEXP::PLD3:23646:
## 302 302 N:GEXP::FTL:2512:
## 303 303 N:GEXP::CALB2:794:
## 304 304 N:GEXP::CA9:768:
## 305 305 N:GEXP::CHGB:1114:
## 306 306 N:GEXP::BSG:682:
## 307 307 N:GEXP::TFCP2L1:29842:
## 308 308 N:GEXP::FOXM1:2305:
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## 1678 1678 N:GEXP::SRP9:6726:
## 1679 1679 N:GEXP::SLC1A2:6506:
## 1680 1680 N:GEXP::SLC44A5:204962:
## 1681 1681 N:GEXP::TPSB2:64499:
## 1682 1682 N:GEXP::ERP29:10961:Now this is a manual step of picking clusters
Plot upset plot